10119 Sekvenování příští generace a molekulární evoluční analýzy u východoafrických ryb cichlida (CICHLIDOMICS)

oddělení 5804 - Centrum pro zahraniční pomoc - příprava a koordinace
oddělení 5804 - Centrum pro zahraniční pomoc - příprava a koordinace

Vydáno

ZÁKLADNÍ INFORMACE
Název projektu10119 Sekvenování příští generace a molekulární evoluční analýzy u východoafrických ryb cichlida (CICHLIDOMICS)
Financován z FonduScholarship Fund - Sciex NMSch, www.sciex.ch ; www.sciex.cz
Kraj (sídlo příjemce grantu)
Kraj (místo realizace projektu)Středočeský kraj
Kraj (sídlo vysílající instituce)
Prioritní osa Rozvoj lidských zdrojů a sociální rozvoj
Oblast zaměřeníVýzkum a vývoj – Základní biologický výzkum
Zprostředkovatel

Swissuniversities (https://www.swissuniversities.ch)

Příjemce grantu

Zuzana Musilová (Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v.v.i.)

Výše grantu

139 128,30 CHF

Švýcarský partner projektu

University of Basel
Department of Environmental Sciences

Stručný popis projektu

Hejna ryb druhu cichlida na Velkých jezerech ve Východní Africe jsou hlavním modelovým systémem v evoluční biologii. Jezera Tanganyika, Malawi a Victoria oplývají jedinečnou skupinou stovek endemických druhů ryb cichlida, které se každý rok vyvíjely od několika miliónů pouze k několika tisícům. Faktory stojící za explozivním vznikem druhů ryb cichlida však zůstávají nejasné. V nedávné době byly ryby cichlidy určeny jako modelový systém v evoluční genetice a genomice a pět druhů ryb cichlida je v současné době sekvenováno v Broad Institute of MIT and Harvard. To poskytuje zcela novou možnost studovat genetický a genomický základ evolučního úspěchu ryby cichlida. V tomto projektu plánujeme využít tyto nové možnosti použitím nadcházejících genomů ryby cichlida a aplikováním technologie sekvenování příští generace k získání dvanácti nových transkriptomů ryby cichlida. Hodláme hledat speciální genomické rysy u ryby cichlida a testovat význam genové duplikace a změnu v počtu kopií („copy number variation“, CNV) ve vývoji ryby cichlida. S evoluční a komparativní genomickou analýzou nového genomu a transkriptomu údajů očekáváme vzrušující nové náhledy do genetické a genomické báze diverzifikace organismů všeobecně a do evoluce ryby cichlida zvláště. SalzburgerLab v Bazileji má odborné znalosti pro tyto druhy analýz a přístup k sekvenování příští generace a komparativní genomické analýze. To tedy poskytne ideální školicí prostředí pro žadatele, Zuzanu Musilovou.

Plánovaný termín dokončení realizace28.2.2013

Poznámka: jedná se o volný překlad anglické verze: Projekt 10119 EN (.PDF, 47 kB)